微波萃取設備的微波是頻率在300MHZ至300GHZ之間的電磁波，它具有波動性、高頻性、熱特性和非熱特性四大基本特性。常用的微波頻率為2450MHZ。微波加熱是利用被加熱物質的極性分子（如H2O、CH2Cl2等）在微波電磁場中快速轉向及定向排列，從而產生撕裂和相互摩擦而發熱。傳統加熱法的熱傳遞公式為：熱源→器皿→樣品，因而能量傳遞效率受到了制約。
微波加熱則是能量直接作用于被加熱物質，其模式為：熱源→樣品→器皿。空氣及容器對微波基本上不吸收和反射，從根本上保證了能量的快速傳導和充分利用。
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