微波對生物體的熱效應是指由微波引起的生物組織或系統受熱而對生物體產生的生理影響，微波干燥設備也具有微波的熱效應。熱效應主要是生物體內有極分子在微波高頻電場的作用下反復快速轉動而摩擦生熱。體內離子在微波作用下振動也會將振動能量轉化為熱量，一般分子也會吸收微波能量后使熱運動能量增加。
    微波的非熱效應是指除熱效應以外的其他效應，如電效應、磁效應及化學效應等，微波干燥設備的微波同樣具有非熱效應。在微波電磁場的作用下，生物體內的一些分子將會產生變形和振動，使細胞膜功能受到影響，使細胞膜內外液體的電狀況發生變化，引起生物作用的改變，進而可影響系統等。對于微波干燥設備的非熱效應，人們還了解的不很多。當生物體受強功率微波照射時，熱效應是主要的，長期的低功率密度微波輻射主要引起非熱效應。
    雖然微波干燥設備也是利用了微波的熱效應和非熱效應，但是微波只出現在設備箱體內部，不會對人體產生影響，所以不必擔心。當然，如果是長時間近距離在微波干燥設備旁工作的人，好做好相應的措施。