工業微波設備的微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。因為微波對細菌的熱效應是讓蛋白質變化，讓細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，可以影響到細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，使細菌營養不良，不能正常代謝，細胞結構功能紊亂，及生長發育受到控制而死亡。另外，微波還會讓細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸[RNA]和脫氧核糖核酸[DNA]，由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變。